1. 個人出售古董或書畫應申報財產交易所得。依規定拍賣公司應提供拍賣成交資料予稽徵機關作為課稅依據，納稅義務人倘未予申報，將遭補稅罰鍰。
2. 營利事業所得稅稅率修正為17％業經立法院三讀通過並溯自99年度適用。
3. 外國事業、機關、團體、組織，在我國境內無固定營業場所者，於一年內在境內從事參展或臨時商務活動而購置取得保存且非為營業稅法§19不得扣抵之進項稅額者，得申請退稅。
4. 行政訴訟法於98年12月22日修正通過，適用簡易訴訟程序之標的金額或價金由原為20萬元提高為40萬元。

• 稽徵機關將對零售業選案發出「輔導營業人誠實報繳營業稅」通知，並將私人消費報公帳列為年度查核重點，對於政府欲彌補稅收不足之作為，提醒　貴企業，應配合因應。
• 勞工退休金條例施行即將於99年7月1日屆滿5年，原選擇舊制（勞動基準法退休金制度）欲改選新制（勞工退休金條例退休金制度）者，依法應於99年6月30日前改選，否則不得變更選擇。
• 自99年起，營利事業課稅所得級距調整為12萬元以下免徵，超過12萬元者，稅率調降為20%，詳如附表供參。
• 個人綜合所得稅自99年起，課稅級距、稅率大幅度加大及降低，詳如附表供參。

境外匯出入款項原因為何，常為ㄧ般人所忽略，而成為查稅目標。個人海外所得將於99年1月起納入所得基本稅額之稅基，因此匯出匯入款項應正確申報外匯用途，並備妥相關證明文件，以免增加無謂之稅務負擔。

1. 98年4月13日起廢止營利事業統一發證制度, 營利事業登記證一併作廢不再核發，有關廠商辦理投標、貸款或產權登記所需證明文件，將以公司或商業登記核准函或列印經濟部商業司【全國商工行政服務入口網】之【商工登記資料查詢】之資料代替。
2. 政府為了鼓勵民眾創業並與國際接軌，公司設立最低資本額限制，自98年5月1日起取消。
3. 遭經濟部命令解散或廢止之公司，仍應依法進行清算程序並選任清算人。若公司未選任清算人，依公司法規定全體股東（股份有限公司為全體董事）為當然清算人。屆時若有欠繳之稅捐達一定金額以上，全體股東(董事)將同時被限制出境。